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VASP 常用插件安装 一、Vaspsol安装 将 VASPsol-master/src/solvation.F 复制到vasp.6.4.2/src 路径下 在vasp.6.4.2 文件夹下 vi makefile.include 在CPP_OPTIONS后面添加 -Dsol_compat <注意这里使用的是空格键> cd 进入 vasp.6.4.2 文件夹执行如下命令 patch src/pot.F < /opt/software/VASPsol-master/src/patches/pbz_patch_610 make all 二、vtstcode安装 解压 tar -xzvf vtstcode-199.tgz cd vtstcode-199 ls #可以看到有五个文件 根据vasp下载安装的版本进入相应的文件，我们是vasp.6.4.2，于是进入vtstcode6.4文件 图片 将 vtstcode6.4文件夹内的所有文件复制到vasp安装包路径的src文件中（以实际安装路径为准） 执行命令：cp -rf vtstcode6.4/* ../vasp.6.4.2/src 修改 vasp.6.4.2/src 文件下的main.F、.objects、makefile 文件内容 进入 vasp.6.4.2/src vi main.F 使用 / 进行查找，将下述两段进行修改 CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, & LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6) 改为 CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, & TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)IF (LCHAIN) CALL chain_init( T_INFO, IO) 改为 CALL chain_init( T_INFO, IO)vi .objects 使用 / 进行查找 chain.o 在这一行上面加如下内容<注意这里使用的是Tab> bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \ fire.o lanczos.o neb.o qm.o \ pyamff_fortran/*.o ml_pyamff.o \ opt.o \图片 vi makefile 在 parser 后面添加 pyamff_fortran 一项 图片 修改makefile.include 在CPP_OPTIONS后面添加 -DRPROMU_DGEMV \ 和 -DRACCMU_DGEMV <注意这里使用的是Tab键> make 三、vaspkit安装 VASPKIT下载，下载链接：https://sourceforge.net/projects/vaspkit/files/Binaries/ 上传至服务器 software 目录下 解压 tar空格-zxvf vaspkit.1.3.5.linux.x64.tar.gz 添加环境变量，执行命令 vi ~/.bashrc #vaspkit export PATH=~/opt/software/vaspkit.1.3.5/bin:${PATH} 进入已经解压的vaspkit文件夹，输入命令 cp -f how_to_set_environment_variables ~/.vaspkit 编辑.vaspkit文件 vi ~/.vaspkit 你会看到 # cp how_to_set_environment_variable ~/.vaspkit and modify the ~/.vaspkit file based on your settings! VASP5 .TRUE. # .TRUE. or .FALSE.; Set .FALSE. if you are using vasp.4.x LDA_PATH ~/POTCAR/LDA # Path of LDA potential. PBE_PATH ~/POTCAR/PBE # Path of PBE potential. GGA_PATH ~/POTCAR/GGA # Path of PW91 potential. POTCAR_TYPE PBE # PBE, PW91 or LDA; Set PBE if you want to make PBE-POTCAR file GW_POTCAR .FALSE. # .TRUE. or .FALSE.; For example, H_GW, O_GW will be chose when POTCAR_GW = .TRUE. RECOMMENDED_POTCAR .TRUE. # .TRUE. or .FALSE.; The recommended PAW potential will be chose when RECOMMENDED_POTCAR = .TRUE. SET_FERMI_ENERGY_ZERO .TRUE. # .TRUE. or .FALSE.; The Fermi Energy will be set to zero eV when SET_FERMI_ENERGY_ZERO = .TRUE. MINI_INCAR .FALSE. # .TRUE. or .FALSE.; A simplified INCAR will be written when MINI_INCAR = .TRUE. USER_DEFINED_INCAR .FALSE. # .TRUE. or .FALSE.; whether to use embedded INCAR templates or user defined INCAR templates WRITE_SELECTIVE_DYNAMICS .FALSE. # .TRUE. or .FALSE.; whether the selective dymanics set will be forced to write when SET_SELECTIVE_DYNAMICS_MODE = .FALSE. PYTHON_BIN ~/anaconda3/bin/python3 # Python executable program with its installation path. I recommend you install anaconda package for Python data science PLOT_MATPLOTLIB .FALSE. # .TRUE. or .FALSE.; Set .TRUE. if you want to generate Graphs. (Matplotlib and Numpy packages MUST be embedded in Python) VASPKIT_UTILITIES_PATH ~/vaspkit/utilities # IF ADVANCED_USER is .TRUE., set VASPKIT_UTILITIES_PATH like ~/vaspkit.0.72/utilities in order to use scripts in it. ADVANCED_USER .TRUE. # .TRUE. or .FALSE.; Please fill in your settings in the block 'USER_DEFINED' if you want vaspkit to integrate your own scripts in the 'UTILITIES' file. SET_INCAR_WRITE_MODE OVERRIDE # OVERRIDE, APPEND, BACK-UP-OLD,BACK-UP-NEW; "Customize INCAR File" whether to override existing INCAR/appending existing INCAR/backup existing INCAR to INCAR.old && write into INCAR/write into INCAR.new PHS_CORRECTION .FALSE. # .TRUE. or .FALSE.; whether to make PHS correction during linear optical calculations. More details on this correction are given in Comput. Mater. Sci. 172 (2020) 109315. # Reset the default values of variables in here SYMPREC 1E-5 # Distance tolerance in Cartesian coordinates to find crystal symmetry (default value: 1E-5) EMIN -20.0 # Minimum energy for evaluation of DOS (default value: -20.0 eV) EMAX 20.0 # Maximum energy for evaluation of DOS (default value: 20.0 eV) NEDOS 2001 # Number of grid points in DOS (default value: 2001) GAMMA_CENTERED .TRUE. # .TRUE. or .FALSE.; (default value: .TRUE.) VACUUM_THICKNESS 15.0 # The thickness of vacuum to build slab or 2D materials (default value: 10 angstrom) CENTER_SLAB .TRUE. # Center the slab in the z direction; (default value: .TRUE.)在此文件中您需要修改的是2~5行，判断VASP版本是不是5开头，将存放LDA、PBE、GGA的文件夹路径覆盖到默认路径上(如果计算中只使用PBE，可以只修改PBE的路径)。 设置自动更新 进入已经解压好的vaspkit.1.3.5文件夹，有一个setup.sh，在此文件文件夹执行 source setup.sh source ~/.bashrc 检查，输入 vaspkit 得到下面结果则安装成功。 图片
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VASP.6.4.2 安装教程 一、intel-2020 编译器安装<可视化桌面安装> tar空格-zxvf parallel_studio_xe_2020_update4_cluster_edition.tgz cd 上述解压后的安装包 ./install_GUI.sh (出现一个界面) 勾选 I accept ，选择 NEXT 勾选 I do NOT consent to the ，选择 NEXT（需要一会反应时间） 继续 NEXT (有一个需要填写序列号的界面)勾选 Choose alternative activation ，选择 NEXT 勾选 activation off* ，选择 NEXT。（出现 Activate offline using a license file 界面）选择 Browse，（需要选择和解压安装包在同一目录下的.lic 文件）<此文件需copy>，选择 NEXT 勾选 customize（查看安装路径）/opt/intel 选择 NEXT 勾选 Install on the current system only 选择 NEXT （不用勾选取消，默认即可）选择 NEXT 选项 install > finish （安装完成） Vi空格~/.bashrc 添加环境变量，根据实际情况修改路径 source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/compilervars.sh intel64 export PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH source空格~/.bashrc Which ifort (查看是否有路径，来判断安装是否成功) 二、fftw-3.3.7 安装 解压 tar空格-zxvf fftw-3.3.7.tar.gz 进入解压出来的 fftw-3.3.7 文件夹执行命令 ./configure空格--prefix=/opt/fftw空格--enable-mpi 配置makefile，/opt/的路径要根据实际情况填写。命令中一定要加 --enable-mpi 否则在安装好的 lib 文件夹内无法生成此次编译VASP 所必需的 libfftw3_mpi.a 文件 执行命令一 make ，随后执行命令二 make install 安装完成 vi空格~/.bashrc 配置如下，路径根据实际情况填写 #fftw export PATH=/opt/fftw/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH source空格~/.bashrc 执行命令 fftw-wisdom 查看是否安装成功 三、VASP.6.4.2 安装 解压 tar空格-zxvf vasp.6.4.2.tgz cd 进入vasp.6.4.2/arch，将makefile.include.intel 复制到vasp.6.4.2文件夹下并修改文件名为makefile.include。vi空格makefile.include 查看文件内容，认真核对尤其是路径，6.4.2版本直接复制过去就行了，记得改路径。 # Precompiler options CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\ -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collective \ -DscaLAPACK \ -DCACHE_SIZE=4000 \ -Davoidalloc \ -Dvasp6 \ -Duse_bse_te \ -Dtbdyn \ -Dfock_dblbuf CPP = fpp -f_com=no -free -w0 $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS) FC = mpiifort FCL = mpiifort -mkl=sequential FREE = -free -names lowercase FFLAGS = -assume byterecl -w -heap-arrays 64 OFLAG = -O2 OFLAG_IN = $(OFLAG) DEBUG = -O0 MKLROOT = /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/ MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64 BLAS = LAPACK = BLACS = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 SCALAPACK = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS) OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o INCS = -I/opt/fftw/include LLIBS = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS) OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o OBJECTS_O2 += fft3dlib.o # For what used to be vasp.5.lib CPP_LIB = $(CPP) FC_LIB = $(FC) CC_LIB = icc CFLAGS_LIB = -O FFLAGS_LIB = -O1 FREE_LIB = $(FREE) OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o # For the parser library CXX_PARS = icpc LLIBS += -lstdc++ # Normally no need to change this SRCDIR = ../../src BINDIR = ../../bin #================================================ # GPU Stuff CPP_GPU = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK -Ufock_dblbuf OBJECTS_GPU= fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o CC = icc CXX = icpc CFLAGS = -fPIC -DADD_ -Wall -qopenmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS CUDA_ROOT ?= /usr/local/cuda/ NVCC := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc CUDA_LIB := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas GENCODE_ARCH := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \ -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \ -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\" \ -gencode=arch=compute_70,code=\"sm_70,compute_70\" \ -gencode=arch=compute_72,code=\"sm_72,compute_72\" MPI_INC = $(I_MPI_ROOT)/include64/ 修改完 makefile.include 文件之后，执行 make all 命令，大概30-60分钟左右完成编译，在 bin 文件夹中会生成三个可执行文件<如下> vasp_gam #gamma版本的vasp vasp_std #标准版本的vasp vasp_ncl #非线性版本的vasp 至此，vasp 的编译工作全部完成。 vi空格~/.bashrc 添加如下环境变量 #vasp export PATH=$PATH:/opt/software/vasp.6.4.2/bin module use ~/apprepo/modules 执行 source空格~/.bashrc使之生效 注意事项 Intel-2020 编译器安装好之后，可将 Icc 、Ifort 编译器的环境变量删除 Intel-2020 编译器安装好之后，可将 openmpi 的环境变量删除 最后保留 Intel、fftw、vasp 三个的环境变量即可
